Program studi (Prodi) Agroteknologi merupakan salah satu dari 10 (sepuluh)
program studi yang berada pada Fakultas Pertanian Universitas Pattimura. Prodi Agroteknologi Fakultas Pertanian UNPATTI merupakan penggabungan dari 3 (tiga) program studi (Prodi Agronomi, Hama dan Penyakit Tanaman serta Ilmu Tanah) pada Jurusan Budidaya Pertanian Fakultas Pertanian UNPATTI. Keberadaan Prodi Agrteknologi tidak terlepas dari sejarah lahirnya Fakultas Pertanian UNPATTI. Fakultas Pertanian pada saat didirikan memiliki 2 (dua) jurusan yaitu Jurusan Pertanian dan Jurusan Kehutanan. Jurusan Pertanian saat itu memiliki 4 (empat) departemen yaitu Departemen Agronomi, Hama dan Penyakit, Tanah dan Sosial Ekonomi Pertanian (SK Dekan Fakultas Pertanian Kehutanan UNPATTI No. 1/KPTS/FPK/1976).
Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No 105/DIKTI/KEP/1984 tanggal 21 Agustus 1984 tentang jenis dan jumlah Program Studi disetiap Jurusan pada Fakultas di lingkungan Universitas Pattimura maka Departemen berubah menjadi Program Studi yaitu Prodi Agronomi, Hama dan Penyakit, Ilmu Tanah dan Prodi Sosial Ekonomi Pertanian yang bernaung di bawah Jurusan Budidaya Pertanian, Fakultas Pertanian Unpatti. Dalam perkembangannya, Fakultas Peternakan yang pernah dibentuk diintegrasikan menjadi Jurusan Peternakan ke dalam Fakultas Pertanian dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0575/O/1985. Dengan demikian maka Fakultas Pertanian UNPATTI memiliki 3 (tiga) Jurusan, yaitu :
- Jurusan Budidaya Pertanian yang memiliki prodi Agronomi, Hama dan Penyakit, Ilmu Tanah dan Sosial Ekonomi Pertanian
- Jurusan Kehutanan memiliki Prodi Manajemen Hutan
- Jurusan Peternakan memiliki Prodi Produksi Ternak
Sesuai Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 278/DIKTI/Kep/1999 tentang pembentukan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian pada Jurusan Budi Daya Pertanian, Fakultas Pertanian Unpatti, maka jumlah program studi menjadi 5 (lima) pada Jurusan Budidaya Pertanian.
Pada perkembangan selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal
Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional No: 63/DIKTI/KEP/2007, tanggal 20 November 2007 tentang Penataan dan Kodefikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi, maka dilakukan penggabungan (merger) beberapa program studi menjadi Program Studi Agroteknologi. Program studi yang bergabung (merger) ke dalam program studi Agroteknologi adalah : Prodi Agronomi, Prodi Hama dan Penyakit Tanaman serta Prodi Ilmu Tanah, akan tetapi saat ini prodi Ilmu Tanah telah kembali membentuk prodi terpisah
dan tidak lagi menjadi bagian dari prodi Agroteknologi. Mengacu pada beberapa peraturan perundang undangan serta keputusan yang dikeluarkan oleh pemerintah di bidang pendidikan, antara lain :
- Kepmendikbud No. 0170/O/1995 tentang Organisasi dan Tata Kerja Struktur organisasi Universitas Pattimura
- Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi
- Undang Undang Nomor 20 tahun 2003 tentang Sistim Pendidikan Nasional
- Kepmendiknas RI No. 016/O/2003 tentang Statuta Universitas Pattimura
- Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen
- Pendidikan Nasional No: 163/DIKTI/KEP/2007, tanggal 20 November 2007 tentang Penataan dan Kodefikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi
- Surat Direktur Akademik Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas No. 1814/D2.2/2008 tanggal 23 Juli 2008, tentang Usulan Penetapan Program Studi Baru pada Universitas Pattimura
Maka ditetapkan Keputusan Rektor Universitas Pattimura No. 106/H13/SK/2009 tentang Penyelenggaraan Program Studi pada Fakultas Pertanian dan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Pattimura. Berdasarkan keputusan tersebut maka diselenggarakan Program Studi Agroteknologi pada Fakultas Pertanian Universitas Pattimura